Это означает лишь одно. работают на одного хозяина.
Конечно это ничего не означает. Логика у вас примерно как в поговорке - "Тот, кто носит Адидас скоро родину продаст".
Опять же у меня есть домен и в зоне.com но это не значит что сайт подчиняется американцам.
Хотя вопрос поставлен скорее всего верно и от доменов в зоне .ru надо бы избавляться, но не потому что кто-то ущемляет или пытается командовать, а потому что в РФ проводятся постоянные тренировки по отключению Интернета и подключению Чебурнета.
Однако переход труден скорее не для самого сайта, а для огромного количества клиентских почтовых ящиков, которые где-то зарегистрированы, типа PayPal, eBay и так далее.
Безболезненный переход невозможен для домена, существующего более 20 лет.
В случае перерегистрации наверное надо подумать и об имени домена. Если есть предложения, давайте обсудим.